Itä- ja Pohjois-Suomen EU-toimisto toimii valittujen painopisteiden ja teemojen pohjalta erilaisissa kansainvälisissä verkostoissa. Yhteistyöverkostot ovat olennainen työkalu, joiden kautta toimisto pystyy tehostamaan edunvalvontansa vaikuttavuutta ja edistämään alueen toimijoiden kansainvälistä yhteistyötä.